Základním pravidlem u kontrol v případě (EET) je nezpůsobit podnikateli žádnou zbytečnou škodu. Kontroly budou probíhat formou tzv. kontrolních nákupů, aby si úředníci ověřili, zda podnikatel plní všechny povinnosti. Kontrolní nákupy budou provádět pracovníci Finanční správy ČR ale také pracovníci Celní správy ČR. Konkrétní subjekty budou mít v hledáčku s odkazem na vyhledávací činnosti podle § 78 daňového řádu.

Při kontrolách budou pracovníci kontrolovat především:

• zda byla řádně vystavena účtenka,
• zda byly údaje o tržbě zaslány správci daně,
• zda všechny údaje o evidované tržbě odpovídají skutečnosti.

Za řádné vystavení účtenky je nejenom samostná skutečnost, ale také, zda účtenka obsahuje všechy zákonem stanovenné údaje a zda údaje na účtence odpovídají stavu věci.

Kontrolor nesmí v průběhu kontrolního nákupu tajně pořizovat zvukové či video záznamy. Pokud je pořizovat bude, musí o tom podnikatele předeme uvědomit, což kontrolorům dává za povinnost i daňový řád.

Pokud pověřený pracovník provede kontrolní nákup u zboží, které lze vrátit, od smlouvy odstoupí. Kontrolor by měl odstoupit od smlouvy ihned potom, co může ověřit údaje z kontrolního nákupu. V případě zjednodušeného režimu to může být až po pěti dnech, a to podle pravidel daňového řádu. Pokud se bude však jednat o provedenou službu (například ostříhání v kadeřnictví), od které nelze již odstoupit, půjdou náklady na vrub finanční správy.